
В прошлом вода в Бургасском озере была такой же соленой, как в море; в настоящее время озеро почти пресноводное. У берегов, преимущественно западных, озеро густо заросло тростником, на дне его почти круглогодично везде растет гребенчатый рдест.
В годы сильного развития это растение заполняет в летние месяцы все водное пространство озера, потребляет биогенные соли, препятствует развитию планктонных водорослей и отрицательно влияет на продуктивность рыбы, в озере.
Флора водорослей озера исследована сравнительно хорошо. Последние сведения в литературе касаются лишь биомассы массовых планктонных водорослей; синезеленых — 25,9%, зеленых — 11,1 %, диатомовых — 44,5 %, эвгленовых— 14,8% и золотистых — 3,7 %.
Самые массовые представители синезеленых — Microcustis aeruginosa, Anabaenopsis arnoldii и Aphanizimenon flos-aguae, зеленых — Scenedesmus guadricauda, диатомовых Nitzschia longisima и Bacillaria paradoxa, эвгленовых — Euglena oxyuris и Phacus longicauda. Золотистые водоросли представлены очень токсичным видом Prumnesium parvum, который иногда развивается в массе и вызывает цветение воды. В марте 1964 г. в 1 м3 воды наблюдалось от 207 до 570 млрд. клеток этого вида, а в феврале 1969 г.— от 86 до 208 млрд. клеток; такое высокое содержание этого вида благодаря низким
температурам воды не вызвало вымирания рыб и беспозвоночных животных. Летом 1966 г. было зафиксировано массовое цветение синезеленых водорослей Anabaenopsis arnoldii (14,5 млрд. клеток в 1 м3 воды), а летом 1967 г.— Aphanizimenon flos-aguae (86 млрд. клеток в 1 м3 воды).
По данным наблюдений в 1964— 1970 гг., в озере наибольшая численность фитопланктона была летом — 8,6 млрд. клеток в 1 м3 воды; средняя годовая численность составляла 4,7 млрд. клеток в 1 м3, что характеризует Бургасское озеро как бассейн, самый богатый фитопланктоном по сравнению с остальными приморскими озерами. Это свидетельствует об его высокой общей биологической продуктивности.